Operasi kren penumpuk bergantung terutamanya pada sistem kawalan untuk mengurus peralatan secara berpusat, melaksanakan tugas seperti penyimpanan masuk, pengambilan keluar dan pengendalian kargo mengikut keperluan operasi gudang. Operator memasukkan arahan melalui panel kawalan, dan sistem menentukan urutan operasi kren berdasarkan lokasi kargo dan slot simpanan sasaran. Dalam gudang teluk tinggi-yang sangat automatik, kren penumpuk juga boleh menerima tugas terus daripada Sistem Pengurusan Gudang (WMS) dan secara automatik melaksanakan operasi yang sepadan mengikut program pratetap.
Untuk memulakan, kren penumpuk menggunakan mekanisme perjalanannya untuk bergerak ke kedudukan lorong yang ditetapkan; mekanisme mengangkat kemudian melaraskan ketinggian platform beban untuk menjajarkan garpu dengan slot simpanan sasaran. Untuk operasi keluar, garpu memanjang ke arah rak untuk mengambil kargo palet dan kemudian menarik balik; untuk operasi masuk, kren mengangkut kargo ke slot yang ditetapkan dan memanjangkan garpu untuk meletakkan kargo ke atas rak. Setelah menyelesaikan tugas, kren penumpuk meneruskan ke arahan seterusnya, membolehkan penyimpanan dan pengambilan kargo berterusan.
Bergantung pada tahap kawalan, operasi kren penumpuk biasanya dikategorikan kepada mod manual, separa-automatik dan automatik. Operasi manual melibatkan kakitangan mengawal peralatan untuk melaksanakan pergerakan tertentu, menjadikannya sesuai untuk tugas seperti pentauliahan dan penyelenggaraan peralatan. Operasi separa-automatik memerlukan campur tangan manusia untuk langkah tertentu, manakala sistem kawalan mengendalikan tindakan yang selebihnya. Dalam pengendalian automatik, sistem secara autonomi melaksanakan pergerakan-termasuk mengembara, mengangkat dan sambungan/tarik balik garpu-berdasarkan program pratetap. Mod pengendalian yang sesuai dipilih berdasarkan faktor seperti skala gudang, keperluan operasi dan tahap automasi.
